Kara Mustafa Paşa
 Külliyesi dahilindeki en önemli tesislerden biri Bedesten binasıdır. 
Bedesten, Merzifon’un Osmanlı iktisadi tarihindeki önemini vurgulayan en
 önemli yapılardandır. 
    Merzifon Bedesteni, günümüze kadar yıpranarak gelebilmiş dükkân
 üniteleri hariç, asıl fonksiyonunu kaybettikten sonra, geniş hacimli iç
 mekânı bir müddet Merzifon Dokumacılar Kooperatifi tarafından dokuma 
atölyesi olarak kullanılmıştır. Bedesten'in Dokumacı esnafı tarafından 
kullanıldığı dönemde ciddi tahribata uğradığını biliyoruz. Bu dönemde 
dokuma tezgâhlarına ait betonarme temeller, kemerler arasına 
yerleştirilen demir kirişler ve güney duvara yerleştirilen bir asma kat 
ve kubbeyi delerek çıkarılmış bir baca yapılarak yapının orijinal durumu
 aşın derecede bozulmuştu. Yine büyük ihtimalle aynı dönemde mekânı daha
 fazla aydınlatmak amacıyla kubbe tepelerinde açılan delikler, sonradan 
beton bloklarla kapatılmış durumdaydı. 
Dokumacılar Kooperatifinde ortaya çıkan ihmal ve suiistimaller ve ağır 
vergiler karşısında yüzyıllar boyunca dünya çapında bir üne sahip olan 
Merzifon Dokumacılık sektörü yok olma tehlikesiyle karşı karşıya kalmış 
ve Bedesten uzunca bir süre yalnızlığa terk edilmiş. Bu terk 
edilmişliğin ardından 1980'li yıllarda TEKEL tarafından tütün deposu 
olarak kullanılmıştır.2000 yılında Bedestenin iç kısmı küçük çaplı bir 
onarımdan geçirilerek zemini düzeltilmiş ve Halk Eğitim Merkezi 
tarafından halı dokuma tezgâhları yerleştirilmiştir. Ancak bu durumda 
çok uzun sürmemiş ve bina bir ara özel bir tekstil firması tarafından 
üretim yeri olarak kullanılmıştır. 
2006 yılında başlatılan çalışmalarla Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından
 aslına uygun olarak restore edilmiş olan Bedesten, gelecek kuşaklara da
 hizmet verebilme şansına sahip oldu. Bedesten, kare planla ve kuzeye 
doğru az meyilli arsası üzerine, eksenleri ana yönlerden biraz sapma 
oturtulan iki kademeli bir kütleye sahiptir. İkinci kademeyi meydana 
getiren ana yapı kütlesi içinde bir karenin köşelerine yerleştirilen 
haçvari planlı dört ayak ve duvarlar arasındaki sivri kemer açıklıkları 
ile ayrılmış eş boyutlu dokuz kare bölüme pandantif geçişli birer kubbe 
örtülerek, kübik ünitelerden kurulu büyük bir mekân meydana 
getirilmiştir. 
    Dört cephe ortasındaki birer giriş ünitesi ve tali unsurlardan 
ibaret otuz iki dükkân hacmi de tonozla örtülü bir dizi eyvan biçiminde 
ve simetrik düzenlemeyle ana yapı çevresine bitiştirilmiştir. 
Ana mekanın giriş üniteleri ile yanlarına sıralanan dükkanlardan 
müştekil alt kademenin hareketli ve hafifi görünüşlü etkisine karşılık 
ana mekan etkisine karşılık; kubbelerle örtülü, prizmal ana mekan 
kütlesi masif karakterlidir. İnşa malzemesi kesme taştır. Beden 
duvarları ile kubbe kasnakları, ince ve kaba yontu taş ve tuğla sıraları
 ile örülmüştür, pencere ve kapı söverleri için yekpare, düzgün bloklar 
halinde taş kesilmiştir. Ana mekânın örtü sistemine kurşun levhalar 
kaplanmıştır. Bedestenin içine, cepheleri dört yönde kuşatan dükkânların
 arasından tam ortadan giriş niteliğindeki dehlizlerle geçiş 
sağlanmıştır. Ana beden duvarlarına ulaşıldığında ise, yüzeyden çok az 
taşıntı yapar. Doğu-batı ve kuzey-güney eksenlerine göre yapıda tam bir 
simetrik düzen vardır. Yapı 30x28 metre boyutları ile kareye yakın, 
dikdörtgen bir sahayı kaplar. Plan tipoloji bakımından Osmanlı 
bedestenleri içerisinde ‘‘orta büyüklükte, dokuz kubbeli, içerde mahzen 
ve dükkan bölüntüsü olmayan ve dıştan çevresi dükkanlı’’ gruba dahil 
edilebilir.